NAMD

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹，是众多md软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu运算，在单机上速度也很快。