Jaligner是一个生物信息学开源项目。通过相似度矩阵和矩阵辅助差距，以执行动态规划的空间复杂度和确定二维数组的大小举行回溯方向。使用JAligner可以很容易通过友好的图形用户界面，简单的命令行语法或可重复使用的编程应用程序接口。

Matrix科学网站是一个强大的搜索引擎，它使用质谱数据，确定蛋白质一级序列数据库。为用户提供蛋白质鉴定服务。Matrix科学网站将矩阵的科学开发融入生物信息学质谱。网站业务包括：开发新的应用、质谱和生物信息学顾问服务、系统分析与集成。

ArrayExpress数据库网由欧洲生物信息研究所创建。ArrayExpress是一个公共的微矩阵数据库，用以存储充分标注的并且与MGED（微矩阵基因表达数据协会）格式一致的数据。用户可以在该网站浏览、查询并且提交微矩阵数据。